A mohácsi csatából kimaradtak

A Mátyás király halálát (1490) követő években meggyengült a belső hatalom, s ez új helyzetet teremtett a székelyek hadi feladatai tekintetében is. 1493-ban Ali szendrői bég tört be Erdélybe zsákmányszerző céllal, őt Bonfini krónikás szerint a székelyek fosztották meg prédájától visszavonulása közben. A kommunikáció eléggé gyors lehetett, mert a betörés utáni ötödik napon ütöttek rajta, és űzték ki a törököket az országból. 1497-ben Moldvában hadakoztak ismét a székelyek, 1521-ben pedig lakóhelyüket is védeniük kellett, mert a Nándorfehérvár elfoglalására készülő törökök – a vár el is esett –, a haderőnket lekötendő, itt is támadtak.
A korabeli oklevelek fokozódó székely elégedetlenségről tanúskodnak. II. Ulászló királynál tettek panaszt Báthori István vajda és székely ispán ellen, akit kiváltságaik megsértésével, zsarnokoskodással vádoltak meg. A király, hogy a készülő felkelést megakadályozza, leváltotta Báthorit, és két új vajdát nevezett ki. Mivel a szászok a felmentett vajda oldalán álltak, a székelyek megtámadták Szászvárost és Darócot.
II. Ulászló, kedvezni akarván nekik, megerősítette a székelyek kiváltságait, de amikor 1506-ban be akarta hajtatni az ökörsütés nevű adót, azt a székelyek jogtalannak ítélték és – történelmük során először – szembefordultak magával az uralkodóval. Ekkor történt, hogy Marosvásárhely mellett megverték Tomori Pál fogarasi kapitány (a későbbi mohácsi főparancsnok) félezres seregét, de amikor a király nagyobb haderőt küldött ellenük, behódoltak neki.
A király 1510-ben Szapolyait nevezte ki erdélyi vajdává és székely ispánná, akinek az oldalán részt vettek a Dózsa-féle felkelés leverésében is. Utóbb megromlott az új vajdával a viszonyuk, mert Szapolyai a vitás ügyekben általában a szászok pártját fogta, emiatt a székely hadak 1515-ben kétszer is feldúlták a Barcaságot. Szapolyai, hogy helyzetén javítson, magának adományoztatta a királlyal a kézdiszentléleki várat, és így székely birtokossá vált. 1519-ben kitört ellene a felkelés, a székelyek megfutamították az alvajda megbüntetésükre küldött csapatait, de Szapolyai Homoródszentpál mellett vereséget mért rájuk. A harcok viszont 1521-ig elhúzódtak. A végzetes mohácsi csatában (1526), mint ismeretes, Szapolyai hadereje (benne a székelyekkel) nem vett részt.